盛世嫡妃凤轻小说,完美世界官网,盗墓笔记小说txt下载

聯(lián)系我們contact

18008719438（楊老師 - 業(yè)務(wù)）

18887132162（高老師 - 人事）

lysw@labreal.cn；lzx@labreal.cn

昆明市盤(pán)龍區(qū)龍泉路871號(hào)茨壩生物創(chuàng)新中心B座2層

遺傳圖譜

產(chǎn)品介紹
常見(jiàn)問(wèn)題
經(jīng)典案例
結(jié)果展示

背景簡(jiǎn)介

遺傳圖譜也叫連鎖遺傳圖譜（Genetic linkage map），是指基因或DNA分子標(biāo)記在染色體水平上的相對(duì)位置與遺傳距離，通常以基因或DNA片段在染色體交換過(guò)程中的重組頻率來(lái)描述，單位為厘摩爾（cM）。例如兩個(gè)基因或兩個(gè)分子標(biāo)記之間的遺傳距離為0.8cM表示減數(shù)分裂時(shí)的重組頻率為0.8%。這里的遺傳距離指的是相對(duì)距離而不是染色體上的物理距離。兩者的遺傳距離越近，發(fā)生重組的概率就會(huì)越低，反之亦然。數(shù)量性狀是指表型呈現(xiàn)連續(xù)變化的性狀，如株高抗病能力等容易受到多種因素的影響?？刂茢?shù)量性狀的基因在基因組上的位置被稱(chēng)作數(shù)量性狀基因座（Quantitative Trait Locus, QTL）。尋找QTL在染色體上的位置并估計(jì)其遺傳效應(yīng)，稱(chēng)作QTL作圖（QTL mapping）。構(gòu)建圖譜需要有大量的分子標(biāo)記作為輔助，傳統(tǒng)的分子標(biāo)記包括RFLP、SSR等。但是用這些標(biāo)記去定位區(qū)間存在標(biāo)記密度過(guò)低，構(gòu)建費(fèi)時(shí)費(fèi)力等問(wèn)題，逐漸被SNP標(biāo)記給替代。利用全基因組重測(cè)序或簡(jiǎn)化基因組測(cè)序的方法得到高密度的SNP標(biāo)記定位QTL已經(jīng)成為主流。

應(yīng)用領(lǐng)域

QTL定位：通過(guò)表型性狀與標(biāo)記間的關(guān)聯(lián)分析來(lái)確定各個(gè)數(shù)量性狀位點(diǎn)在染色體上的位置、效應(yīng)及各個(gè)QTL間的相互作用。

輔助基因組組裝：通過(guò)帶有序列信息的遺傳圖譜，將組裝的scaffold進(jìn)行進(jìn)一步的鏈接，并定位到染色體上，以獲得基因組精細(xì)圖譜。

分子標(biāo)記輔助育種：獲得與性狀緊密連鎖的標(biāo)記，根據(jù)標(biāo)記序列設(shè)計(jì)引物，直接應(yīng)用于群體中的性狀篩查。

比較基因組學(xué)研究：利用高密度遺傳圖譜上標(biāo)記的宏觀共線(xiàn)性，揭示不同物種間染色體或片段上的共線(xiàn)性，分析相關(guān)物種基因組結(jié)構(gòu)和進(jìn)化歷程。

方案設(shè)計(jì)

分析內(nèi)容

樣本類(lèi)型和測(cè)序方案

取樣類(lèi)型：具有重要性狀的親本，雜交或自交能產(chǎn)生后代。
子代群體包括暫時(shí)分離群體F1、F2和永久分離群體RIL、NIL等
作圖群體：父本母本各一個(gè)，子代數(shù)量150個(gè)起。隨機(jī)挑選作圖群體。
測(cè)序深度：親本20-30X，子代3-5X

Q1. 群體數(shù)量是否有要求？

A：我們一般推薦老師的樣本數(shù)≥200，至少150個(gè)起。和BSA混池選樣策略完全相反，即BSA選取的是極端性狀做混池，而遺傳圖譜盡量做到隨機(jī)取樣，而不是刻意挑選。

Q2 .不同物種如何選擇作圖群圖？

A：首先要符合親本雜交或自交后具有可育性，然后根據(jù)親本的雜合和純合度選擇分離群體。通常情況下親本純合度較高的物種如水稻等，分離群體可選用F2、BC、RIL、DH、NAM群體等。而雜合度較高的親本（純合度＜50%）如林木、果樹(shù)、水生魚(yú)類(lèi)、昆蟲(chóng)等一般采用F1作為分離群體。

Q3 .全基因組重測(cè)序的測(cè)序深度有何要求？

A：對(duì)于親本，我們推薦測(cè)序深度≥20X。子代推薦深度3-5X。

Q4 . 多倍體可以做遺傳圖譜嗎？

A：同源多倍體物種遺傳圖譜目前可以當(dāng)做二倍體來(lái)做，異源多倍體例如四倍體陸地棉等作物可以當(dāng)做兩個(gè)二倍體作物來(lái)構(gòu)建遺傳圖譜。

Q5 . 遺傳圖譜除了QTL定位還有哪些重要的功能？

A：遺傳圖譜用途廣泛，包括QTL定位、輔助基因組組裝、分子標(biāo)記輔助育種和比較基因組學(xué)研究等。

Q6 .表型數(shù)據(jù)是否符合正態(tài)分布才能進(jìn)行QTL定位？

A：事實(shí)上表型數(shù)據(jù)中的隨機(jī)誤差大致符合正態(tài)分布即可，無(wú)需嚴(yán)格要求表型數(shù)據(jù)滿(mǎn)足正態(tài)分布。但是這里需要再次強(qiáng)調(diào)的是，老師在選擇作圖群體時(shí)，取樣盡量要均勻隨機(jī)而不是刻意選擇自己喜歡的性狀。

Q7. 上圖標(biāo)記中是否包含偏分離標(biāo)記？偏分離標(biāo)記原因是什么？

A：包含偏分離不顯著的標(biāo)記，顯著偏分離的標(biāo)記會(huì)被過(guò)濾掉。偏分離是自然界非常普遍存在的現(xiàn)象，并被認(rèn)為是生物進(jìn)化的動(dòng)力之一。產(chǎn)生偏分離的原因主要有兩個(gè)方面：配子選擇和合子選擇，其中配子選擇主要包括花粉致死、花粉管競(jìng)爭(zhēng)和選擇性受精。除了上述原因以外，環(huán)境因素、非同源重組、基因轉(zhuǎn)換、轉(zhuǎn)座因子、轉(zhuǎn)基因沉默、體外孤雄生殖過(guò)程中的選擇壓、非整倍體或不穩(wěn)定易位造成的染色體不穩(wěn)定等都有可能是導(dǎo)致偏分離。

基于重測(cè)序圖譜精細(xì)定位大豆抗性基因

材料：
親本： Magellan ×PI 438489B
子代：RIL群體（246個(gè)子代個(gè)體）
測(cè)序
親本測(cè)序深度13.5X，子代 0.19X
性狀
抗豆根受線(xiàn)蟲(chóng)病

246個(gè)重組自交系的Bin map，紅色來(lái)自感病親本，綠色來(lái)自抗性親本。B圖是A圖基礎(chǔ)上放大的效果圖。白色的線(xiàn)是重組區(qū)（重組間隔），兩個(gè)重組間隔之間即為一個(gè)Bin，以Bin為標(biāo)記作圖。

3509個(gè)bins，每個(gè)bin平均包含著31個(gè)SNPs，R/QTL 包構(gòu)建連鎖圖，該連鎖圖覆蓋了大豆基因組2314cM，平均圖距為0.66cM。

定位結(jié)果

在群體足夠大的情況下，采用重測(cè)序的方法測(cè)序定位效果會(huì)更加精細(xì)；尋找非同義突變位點(diǎn)，縮小候選區(qū)域；一步到位，直接獲得候選區(qū)域序列信息。

標(biāo)記層面

重測(cè)序可以高效開(kāi)發(fā)雙親之間的SSR，InDel標(biāo)記同時(shí)檢測(cè)SV，CNV變異信息；SSR，InDel標(biāo)記檢測(cè)操作相對(duì)于CAPS，dCAPS標(biāo)記更加容易，一般實(shí)驗(yàn)室就能順利完成。

分析內(nèi)容

可以與參考基因組和近緣物種進(jìn)行共線(xiàn)性分析，尤其是與近緣種進(jìn)行共線(xiàn)性分析時(shí)可以挑出同源片段，深入研究這些保守片段的分子結(jié)構(gòu)和特點(diǎn)。

輔助組裝

利用親本的高深度序列信息（30X）可以完善參考基因組序列信息，輔助和糾錯(cuò)基因組裝工作。

參考文獻(xiàn)

Xu, X., et al. (2013). Pinpointing genes underlying the quantitative trait loci for root-knot nematode resistance in palaeopolyploid soybean by whole genome resequencing. PNAS, 110(33), 13469-74.