背景簡介
TMT?（Tandem Mass Tag?）技術是由美國Thermo Scientific公司研發(fā)的一種多肽體外標記技術。該技術采用10種同位素的標簽，通過特異性標記蛋白多肽N末端或賴氨酸側鏈基團，而后進行串聯(lián)質(zhì)譜分析，可同時比較10組不同樣品中蛋白質(zhì)的相對含量。TMT技術是常用的差異蛋白質(zhì)組學技術，在疾病標記物篩選、藥物作用靶點、動植物抗病/抗脅迫機制、動植物發(fā)育分化機理等領域都有廣泛應用。
技術優(yōu)勢
靈敏度高：低豐度蛋白也能檢測出
適用范圍廣：幾乎可對任何物種的各類蛋白質(zhì)進行分離鑒定
高通量：能同時對10組樣本中包含的蛋白進行鑒定及表達差異分析
高效：液相色譜與串聯(lián)質(zhì)譜連用，自動化操作，分析速度快，分離效果好
技術路線
分析內(nèi)容
樣本類型
細胞，組織，尿液，全血，血清，血漿，總蛋白等
建議總蛋白起始量（單次）：≥ 500 μg，濃度≥1μg/μL
Q1：iTRAQ及TMT等標記定量蛋白質(zhì)組技術有什么特點？
A：iTRAQ以及TMT等標記定量蛋白質(zhì)組技術分辨率高，細胞樣品最多可鑒定超過6000個蛋白，并且絕大多數(shù)蛋白都有定量和定性信息；其次是通量高，可以一次最多完成8個（iTRAQ）或者10個（TMT）樣品的實驗，特別適合于多組樣品間的同時比較以及生物學過程的動態(tài)檢測。
Q2：沒有全基因組數(shù)據(jù)的物種該如何進行蛋白的鑒定？
A：對于已經(jīng)公布全基因組序列的物種，可以在得到全序列后構建本地建庫并進行本地檢索；對于未進行全基因組測序的物種，可以采用近緣物種的數(shù)據(jù)庫或者EST數(shù)據(jù)以及轉錄組數(shù)據(jù)進行檢索。
環(huán)境溫度升高對微生物群落的影響
研究背景
全球溫度升高會對微生物群落造成影響，進而直接影響全球生態(tài)系統(tǒng)。科學家們在溫度對微生物群落的群落結構和特定的代謝過程做了許多研究，而較少使用組學手段對整個群落的反應做出全面的評估。
研究內(nèi)容
本文首次將TMT標記定量蛋白質(zhì)組學技術應用在微生物群落研究上，精確地和可重復地在40℃、43℃和46℃三個溫度條件下定量到上千個微生物蛋白質(zhì)。作者發(fā)現(xiàn)，溫度升高會引起單個微生物和整個群落的氨基酸代謝相關蛋白質(zhì)上調(diào)，并抑制兩類螺菌屬微生物的固碳蛋白表達，然而在高溫下第三類螺菌屬微生物固碳蛋白則顯著上調(diào)。
研究結果
定量蛋白質(zhì)組學技術可以用于群落微生物研究，能鑒定到與代謝、生長、信號與壓力反應等過程相關的上千個差異表達蛋白，并在生態(tài)群落中對單個微生物組實現(xiàn)定量蛋白質(zhì)組學研究。
參考文獻
Mosier A C, Li Z, Thomas B C, et al. Elevated t emperature alt ers proteomic responses of ind ividual organisms within a bio film community. The ISME journal. 9:180-194 (2015). (IF: 9.328)
