轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。通常指某一狀態(tài)下的所有mRNA轉(zhuǎn)錄本。
高覆蓋度：單次轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒灱纯色@取全面的編碼RNA信息。
鏈特異性文庫：采用dUTP鏈特異性文庫構(gòu)建方案，確保轉(zhuǎn)錄本的方向性，獲取更準(zhǔn)確的定量結(jié)果。
關(guān)聯(lián)分析：聯(lián)合多個組學(xué)數(shù)據(jù)，開展跨組學(xué)關(guān)聯(lián)分析。
細(xì)胞，組織，全血，血清，血漿，總RNA等
建議總RNA起始量：2 μg，最低1 μg，濃度≥50 ng/μL
1. Hatch K, Pabon A, DiMario JX. (2017) EMX2 activates slow myosin heavy chain 2 gene expression in embryonic muscle fibers. Mechanisms of Development 147(1), 8-16.
2. Sheng Z, Lv Y, Li W, Luo R, Wei X, Xie L, Jiao G, Shao G, Wang J, Tang S. (2017) Yellow-Leaf 1 encodes a magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester cyclase, involved in chlorophyll biosynthesis in rice (Oryza sativa L.). PLOS ONE 12(5), e0177989.
3. Han Z, Wang T, Han S, Chen Y, Chen T, Jia Q, Li B, Li B, Wang J, Chen G. (2017) Low-expression of TMEM100 is associated with poor prognosis in non-small-cell lung cancer. American journal of translational research 9(5), 2567-2578.
4. Li JH. (2017) Shared differentially expressed genes of Chinese fir (Cunninghamia lanceolata (Lamb.) Hook) seedlings under low nitrogen and phosphorus stress. PeerJ Preprints 5(1), e2916v1.
5. Lee MY, Ha SE, Park C, Park PJ, Fuchs R, Wei L, Jorgensen BG, Redelman D, Ward SM, Sanders KM. (2017) Transcriptome of interstitial cells of Cajal reveals unique and selective gene signatures. PLOS ONE 12(4), e0176031.
6. Sun J, Xie M, Huang Z, Li H, Chen T, Sun R, Wang J, Xi Q, Wu T, Zhang Y. (2017) Integrated analysis of non-coding RNA and mRNA expression profiles of 2 pig breeds differing in muscle traits. Journal of Animal Science 95(3), 1092-1103.
7. Quan J, Meng S, Guo E, Zhang S, Zhao Z, Yang X. (2017) De novo sequencing and comparative transcriptome analysis of adventitious root development induced by exogenous indole-3-butyric acid in cuttings of tetraploid black locust. BMC Genomics 18(179),
8. Lin X, Zeng J, Wang B, Yao Y, Du Y. (2016) Characterization of ovary genes of beet webworm, Loxostege sticticalis, through de novo transcriptome analysis and its potential application
A：轉(zhuǎn)錄組和DGE主要的差別在于數(shù)據(jù)量和分析內(nèi)容上，轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)量較大，除了分析差異基因，還可以進行基因結(jié)構(gòu)分析；而DGE就是數(shù)字基因表達譜，它的數(shù)據(jù)量較小，一般只分析差異基因，不能進行基因結(jié)構(gòu)分析。
可變剪接是產(chǎn)生蛋白質(zhì)和功能的多樣性的重要途徑，對細(xì)胞分化和發(fā)育以及疾病發(fā)生等至關(guān)重要。人類高達95%以上的基因是可變剪接的?？勺兗艚幽軓膯蝹€基因組位點產(chǎn)生數(shù)量驚人的異構(gòu)體，果蠅Dscam1（唐氏綜合癥細(xì)胞黏附分子）和脊椎動物Pcdhs是其中的兩個經(jīng)典范例。黑腹果蠅Dscam1通過可變剪接方式可產(chǎn)生38,016種同源異構(gòu)體，而脊椎動物Pcdhs通過選擇性啟動子來實現(xiàn)蛋白質(zhì)的多樣性。
課題組運用RNA-seq等分析方法在轉(zhuǎn)錄組水平上開展了對螯肢動物東亞鉗蝎（Chelicerata）異構(gòu)體多樣性的研究。課題組在螯肢動物中發(fā)現(xiàn)新的Dscam基因家族（sDscams），這些Dscam基因比較短，且具有串聯(lián)排列的5′表達盒（cassettes）。這些高度重復(fù)串聯(lián)序列， 重復(fù)單元通常由編碼 1 個Ig（免疫球蛋白）結(jié)構(gòu)域的2個外顯子（sDscamα）或編碼2個Ig結(jié)構(gòu)域的4個外顯子（sDscamβ）組成。 研究人員發(fā)現(xiàn)， sDscam基因5'端的選擇性外顯子上游存在獨立的啟動子，通過選擇性啟動子及可變剪接相結(jié)合的調(diào)控方式來產(chǎn)生同源異構(gòu)體多樣性。此外，這些 sDscams與果蠅Dscam1有很高的序列相似性，且sDscams的組織結(jié)構(gòu)與脊椎動物Pcdhs 的5′可變區(qū)驚人的相似。
圖 sDscamβ 異構(gòu)體表達的模式圖
本研究的這些發(fā)現(xiàn)對于理解果蠅Dscam1和脊椎動物Pcdhs的功能相似性具有重要意義。研究人員提出了一種決定5'端串聯(lián)復(fù)制外顯子簇的選擇機制的新模型，對異構(gòu)體多樣性的調(diào)控機制進行了更深一步的探討。
Yue Y, et al. (2016) A large family of Dscam genes with tandemly arrayed 50 cassettes in Chelicerata. Nature Communications. DOI: 10.1038/ncomms11252.
差異基因聚類分析熱圖
用于判斷基因在不同實驗條件下調(diào)控模式的聚類模式根據(jù)樣品基因表達譜的相近程度，將基因進行聚類分析，直觀地展示基因在不同樣品（或是不同處理）中的表達情況，由此獲取生物 學(xué)相關(guān)信息。
差異顯著差異表達基因上下調(diào)頻數(shù)統(tǒng)計柱狀圖用于統(tǒng)計差異基因數(shù)目
差異表達基因分析火山圖
用于了解差異表達基因的整體分布情況。以log2(foldchange)為橫坐標(biāo)， -log10(pvalue)為縱坐標(biāo)，對差異表達分析中所有的基因繪制火山圖。其中橫坐標(biāo)代表基因在不同樣本中差異表達倍數(shù)變化；縱坐標(biāo)代表基因表達量變化差異的統(tǒng)計學(xué)顯著性。
差異基因GO富集柱狀圖
用于反映在生物過程(biological process)、細(xì)胞組分(cellular component)和分子功能(molecular function)富集的GO term上差異基因的個數(shù)分布情況。
GO功能富集散點圖
用于展示GO term的富集情況。Rich factor表示位于該GO的差異基因個數(shù)/位于該GO的總基因數(shù)，Rich factor越大，GO富集程度越高。
皮爾森相關(guān)系數(shù)圖
用于反映生物學(xué)重復(fù)、樣本相關(guān)性，確保后續(xù)的差異基因分析得到更可靠的結(jié)果。
可變剪切統(tǒng)計圖
對該物種及其相應(yīng)的測序樣品進行可變剪切事件的分類及統(tǒng)計。
