中美貿(mào)易摩擦升級，國內(nèi)企業(yè)如何破局？
2019年5月9日，美國政府宣布自2019年5月10日起，對從中國進口的2000億美元清單商品加征的關(guān)稅稅率由10%提高到25%。5月13日，國務(wù)院關(guān)稅稅則委員會決定，自2019年6月1日起，對原產(chǎn)于美國的部分進口商品提高加征關(guān)稅稅率，其中診斷試劑（稅號：30063000）屬于加征25%關(guān)稅稅率的商品范圍。
中美貿(mào)易摩擦持續(xù)升級，國內(nèi)企業(yè)如何破局？2018年3月美國總統(tǒng)特朗普正式簽署對華貿(mào)易備忘錄，中美貿(mào)易戰(zhàn)正式拉開帷幕。聯(lián)川生物順勢而行，隨即積極布局國內(nèi)市場，戰(zhàn)略性將美國LC Sciences國際研發(fā)中心基因捕獲平臺落地國內(nèi)，打破基因捕獲核心技術(shù)長久被外企壟斷的現(xiàn)象，為國內(nèi)企業(yè)提供高性價比一站式基因檢測解決方案。
全球領(lǐng)先的寡核苷酸生產(chǎn)和供應(yīng)商
美國LC Sciences（www.lcsciences.com）成立于2004年，聯(lián)川生物國際研發(fā)中心，全球領(lǐng)先的寡核苷酸生產(chǎn)和供應(yīng)商，全球5家擁有基因測序上游核心技術(shù)的公司之一，發(fā)明專利32項。公司生產(chǎn)的產(chǎn)品和服務(wù)遍及全球40多個國家，上萬家單位和科研機構(gòu)，依托自主μParaflo?微流體芯片合成寡核苷酸，推進基因捕獲等領(lǐng)域的技術(shù)革新和發(fā)展。
自主技術(shù)包含μParaflo?微流體芯片平臺，大規(guī)模寡核苷酸OligoMix?，一步式多重PCR解決方案VariantPro?，液相雜交捕獲解決方案VariantBaits?等多種創(chuàng)新技術(shù)。
雙V捕獲平臺臨床NGS定制化試劑盒供應(yīng)商
聯(lián)川基因診斷創(chuàng)立于2016年，聯(lián)川生物全資子公司，定位于體外診斷試劑盒開發(fā)與應(yīng)用，將美國LC Sciences研發(fā)中心強大的雙V捕獲平臺（VariantPro?&VariantBaits?）在國內(nèi)GMP工廠落地生產(chǎn)，提供臨床NGS定制化一站式檢測解決方案。基于全球首創(chuàng)的VariantPro?一步法靶向基因捕獲技術(shù)和自主知識產(chǎn)權(quán)的VariantBaits?液相雜交捕獲系統(tǒng)，聯(lián)川基因診斷專注為國內(nèi)精準醫(yī)學(xué)領(lǐng)域提供先進的基因檢測解決方案和產(chǎn)品。
VariantBaits?液相雜交捕獲系統(tǒng)
VariantBaits?液相雜交捕獲系統(tǒng)可以對感興趣的蛋白編碼區(qū)域DNA或基因組上的特定序列進行富集，并在Illumina、Ion Torrent等二代測序平臺進行高通量測序。通過自主專利的μParaflo?微流體芯片合成的高質(zhì)量超長RNA探針，對帶有測序接頭的基因組文庫進行液相雜交，與目標區(qū)域序列互補配對的探針在雜交時特異性結(jié)合目的片段DNA，通過鏈霉親和素磁珠與探針上的生物素標記結(jié)合，從而抓取并富集目的片段DNA。
μParaflo? Microfluidics工業(yè)級核酸合成解決方案
根植于光原位合成原理，聯(lián)川研發(fā)出以硅晶板為基礎(chǔ)的大規(guī)模合成芯片平臺μParaflo? Microfluidics，是目前少數(shù)幾家擁有此項技術(shù)的公司。通過微流控技術(shù)對核酸的原料進行控制，經(jīng)由控制光的封閉與否對合成的DNA反應(yīng)進行控制，達到合成DNA的目的。相比于其他方式，此種DNA合成可以實現(xiàn)更大規(guī)模的合成以及更可控的DNA合成質(zhì)量。
在合成DNA時，當長度小于1000bp時，芯片合成成本遠低于其他合成方式。以此表明，在大規(guī)模合成DNA的領(lǐng)域當中，芯片合成占有絕對優(yōu)勢，也是主流選擇。
Kosuri, S., & Church,G. M. (2014). Large-scale de novo DNA synthesis: technologies and applications.Nature methods, 11(5), 499.
μParaflo? Microfluidics芯片平臺可一次性合成30,000根寡核苷酸，可實現(xiàn)大規(guī)模探針合成，更適用于二代測序靶向捕獲。μParaflo? Microfluidics平臺自2004年以來發(fā)表數(shù)十篇文章，其中多篇發(fā)表在CNS頂級雜志上。（文章見文末列表）
VariantBaits?探針優(yōu)勢
結(jié)合力優(yōu)勢：RNA/DNA>DNA/DNA
RNA探針對基因組文庫（DNA）結(jié)合力更強，這使得RNA探針相比于DNA探針具有更低的退火溫度，實驗中更好的穩(wěn)定性。
設(shè)計優(yōu)勢：覆瓦式和長探針
探針長度和探針設(shè)計排布的策略對捕獲效率有更多的影響，覆瓦式（Tiling）的探針設(shè)計比相鄰式或間隔式的探針排布富集效率更高；長探針在捕獲時對目標序列的錯配容忍度更高，因此長探針在捕獲indels上靈敏度更高。
Clark, Michael J., et al."Performance comparison of exome DNA sequencing technologies." Naturebiotechnology 29.10 (2011): 908.3
VariantBaits?技術(shù)優(yōu)勢
國內(nèi)唯一一家大規(guī)模自主核心技術(shù)的探針合成平臺，探針可靠性已獲數(shù)十項應(yīng)用驗證
120nt超長RNA捕獲探針覆瓦式覆蓋目標區(qū)域，擁有更高的錯配容忍度和捕獲效率
獨特的探針設(shè)計優(yōu)化，充分利用探針與捕獲區(qū)域的結(jié)合特性，減少冗余產(chǎn)生
對于高GC區(qū)域，進行獨特的探針方法設(shè)計，最大限度上捕獲到高GC區(qū)域
可按客戶需求個性化定制Panel，Panel定制30個工作日，可同時定制多種Panel
VariantBaits?性能展示
VariantBaits?良好的捕獲效率
VariantBaits?優(yōu)異的覆蓋度
VariantBaits?均一化的覆蓋度
VariantBaits?穩(wěn)定的重復(fù)表現(xiàn)
VariantBaits?產(chǎn)品性能
VariantBaits?建庫原理
VariantBaits?定制流程
VariantBaits?部分合作成果
1.Gao X, Church, GM, et al. (2004) Accurate multiplex gene synthesis from programmable DNA chips. Nature 432, 1050-1054.
2.Porreca GJ, Zhang K, Li JB, Xie B, Austin D, Vassallo SL, LeProust EM, Peck BJ, Emig CJ, Dahl F, Gao Y, Church GM, Shendure J. (2007) Multiplex amplification of large sets of human exons. Nat Methods 4(11), 931-36.
3.Gnirke A, Melnikov A, Maguire J, et al. (2009) Solution hybrid selection with ultra-long oligonucleotides for massively parallel targeted sequencing. Nat Biotechnol 27, 182–89.
4.Lira Mamanova, Alison J Coffey1, et al. (2010) Target-enrichment strategies for nextgeneration sequencing. Nat Methods 7(2):111-8.
5.Teer JK, Bonnycastle LL, et al. (2010) Systematic comparison of three genomic enrichment methods for massively parallel DNA sequencing. Genome Res 20(10), 1420-31.
6.Matzas M, St?hler PF, et al. (2010) High-fidelity gene synthesis by retrieval of sequence-verified DNA identified using high-throughput pyrosequencing. Nat Biotechnol 28(12), 1291-94.
7.Nautiyal S, Carlton VE, Lu Y, Ireland JS, Flaucher D, Moorhead M, Gray JW, Spellman P, Mindrinos M, Berg P, Faham M. (2010) High-throughput method for analyzing methylation of CpGs in targeted genomic regions. Proc Natl Acad Sci 107(28), 12587-92.
8.Myllykangas S, Buenrostro JD, et al. (2011) Efficient targeted resequencing of human germline and cancer genomes by oligonucleotide-selective sequencing. Nat Biotechnol 29, 1024-27.
9.Diep D, Plongthongkum N, Gore A, Fung H, Shoemaker R, Zhang K. (2012) Library-free methylation sequencing with bisulfite padlock probes. Nature Methods 9(3), 270-2.
10.Labrie V, Buske OJ, Oh E, Jeremian R, Ptak C, Gasiūnas G, Maleckas A, Petereit R, ?virbliene A, Adamonis K et al.(2016) Lactase nonpersistence is directed by DNA-variation-dependent epigenetic aging. Nature Structural &Molecular Biology 23(6):566-73.
11.Zaccai F, C T, Savitzki D, Zivony-Elboum Y, Vilboux T, Fitts EC, Shoval Y, Kalfon L, Samra N, Keren Z. (2017) Phospholipase A2-activating protein is associated with a novel form of leukoencephalopathy. Brain 140(2), 370-386.
