中美貿(mào)易摩擦升級(jí)，國(guó)內(nèi)企業(yè)如何破局？
2019年5月9日，美國(guó)政府宣布自2019年5月10日起，對(duì)從中國(guó)進(jìn)口的2000億美元清單商品加征的關(guān)稅稅率由10%提高到25%。5月13日，國(guó)務(wù)院關(guān)稅稅則委員會(huì)決定，自2019年6月1日起，對(duì)原產(chǎn)于美國(guó)的部分進(jìn)口商品提高加征關(guān)稅稅率，其中診斷試劑（稅號(hào)：30063000）屬于加征25%關(guān)稅稅率的商品范圍。
中美貿(mào)易摩擦持續(xù)升級(jí)，國(guó)內(nèi)企業(yè)如何破局？2018年3月美國(guó)總統(tǒng)特朗普正式簽署對(duì)華貿(mào)易備忘錄，中美貿(mào)易戰(zhàn)正式拉開帷幕。聯(lián)川生物順勢(shì)而行，隨即積極布局國(guó)內(nèi)市場(chǎng)，戰(zhàn)略性將美國(guó)LC Sciences國(guó)際研發(fā)中心基因捕獲平臺(tái)落地國(guó)內(nèi)，打破基因捕獲核心技術(shù)長(zhǎng)久被外企壟斷的現(xiàn)象，為國(guó)內(nèi)企業(yè)提供高性價(jià)比一站式基因檢測(cè)解決方案。
全球領(lǐng)先的寡核苷酸生產(chǎn)和供應(yīng)商
美國(guó)LC Sciences（www.lcsciences.com）成立于2004年，聯(lián)川生物國(guó)際研發(fā)中心，全球領(lǐng)先的寡核苷酸生產(chǎn)和供應(yīng)商，全球5家擁有基因測(cè)序上游核心技術(shù)的公司之一，發(fā)明專利32項(xiàng)。公司生產(chǎn)的產(chǎn)品和服務(wù)遍及全球40多個(gè)國(guó)家，上萬家單位和科研機(jī)構(gòu)，依托自主μParaflo?微流體芯片合成寡核苷酸，推進(jìn)基因捕獲等領(lǐng)域的技術(shù)革新和發(fā)展。
自主技術(shù)包含μParaflo?微流體芯片平臺(tái)，大規(guī)模寡核苷酸OligoMix?，一步式多重PCR解決方案VariantPro?，液相雜交捕獲解決方案VariantBaits?等多種創(chuàng)新技術(shù)。
雙V捕獲平臺(tái)臨床NGS定制化試劑盒供應(yīng)商
聯(lián)川基因診斷創(chuàng)立于2016年，聯(lián)川生物全資子公司，定位于體外診斷試劑盒開發(fā)與應(yīng)用，將美國(guó)LC Sciences研發(fā)中心強(qiáng)大的雙V捕獲平臺(tái)（VariantPro?&VariantBaits?）在國(guó)內(nèi)GMP工廠落地生產(chǎn)，提供臨床NGS定制化一站式檢測(cè)解決方案。基于全球首創(chuàng)的VariantPro?一步法靶向基因捕獲技術(shù)和自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的VariantBaits?液相雜交捕獲系統(tǒng)，聯(lián)川基因診斷專注為國(guó)內(nèi)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域提供先進(jìn)的基因檢測(cè)解決方案和產(chǎn)品。
VariantBaits?液相雜交捕獲系統(tǒng)
VariantBaits?液相雜交捕獲系統(tǒng)可以對(duì)感興趣的蛋白編碼區(qū)域DNA或基因組上的特定序列進(jìn)行富集，并在Illumina、Ion Torrent等二代測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行高通量測(cè)序。通過自主專利的μParaflo?微流體芯片合成的高質(zhì)量超長(zhǎng)RNA探針，對(duì)帶有測(cè)序接頭的基因組文庫(kù)進(jìn)行液相雜交，與目標(biāo)區(qū)域序列互補(bǔ)配對(duì)的探針在雜交時(shí)特異性結(jié)合目的片段DNA，通過鏈霉親和素磁珠與探針上的生物素標(biāo)記結(jié)合，從而抓取并富集目的片段DNA。
μParaflo? Microfluidics工業(yè)級(jí)核酸合成解決方案
根植于光原位合成原理，聯(lián)川研發(fā)出以硅晶板為基礎(chǔ)的大規(guī)模合成芯片平臺(tái)μParaflo? Microfluidics，是目前少數(shù)幾家擁有此項(xiàng)技術(shù)的公司。通過微流控技術(shù)對(duì)核酸的原料進(jìn)行控制，經(jīng)由控制光的封閉與否對(duì)合成的DNA反應(yīng)進(jìn)行控制，達(dá)到合成DNA的目的。相比于其他方式，此種DNA合成可以實(shí)現(xiàn)更大規(guī)模的合成以及更可控的DNA合成質(zhì)量。
在合成DNA時(shí)，當(dāng)長(zhǎng)度小于1000bp時(shí)，芯片合成成本遠(yuǎn)低于其他合成方式。以此表明，在大規(guī)模合成DNA的領(lǐng)域當(dāng)中，芯片合成占有絕對(duì)優(yōu)勢(shì)，也是主流選擇。
Kosuri, S., & Church,G. M. (2014). Large-scale de novo DNA synthesis: technologies and applications.Nature methods, 11(5), 499.
μParaflo? Microfluidics芯片平臺(tái)可一次性合成30,000根寡核苷酸，可實(shí)現(xiàn)大規(guī)模探針合成，更適用于二代測(cè)序靶向捕獲。μParaflo? Microfluidics平臺(tái)自2004年以來發(fā)表數(shù)十篇文章，其中多篇發(fā)表在CNS頂級(jí)雜志上。（文章見文末列表）
VariantBaits?探針優(yōu)勢(shì)
結(jié)合力優(yōu)勢(shì)：RNA/DNA>DNA/DNA
RNA探針對(duì)基因組文庫(kù)（DNA）結(jié)合力更強(qiáng)，這使得RNA探針相比于DNA探針具有更低的退火溫度，實(shí)驗(yàn)中更好的穩(wěn)定性。
設(shè)計(jì)優(yōu)勢(shì)：覆瓦式和長(zhǎng)探針
探針長(zhǎng)度和探針設(shè)計(jì)排布的策略對(duì)捕獲效率有更多的影響，覆瓦式（Tiling）的探針設(shè)計(jì)比相鄰式或間隔式的探針排布富集效率更高；長(zhǎng)探針在捕獲時(shí)對(duì)目標(biāo)序列的錯(cuò)配容忍度更高，因此長(zhǎng)探針在捕獲indels上靈敏度更高。
Clark, Michael J., et al."Performance comparison of exome DNA sequencing technologies." Naturebiotechnology 29.10 (2011): 908.3
VariantBaits?技術(shù)優(yōu)勢(shì)
國(guó)內(nèi)唯一一家大規(guī)模自主核心技術(shù)的探針合成平臺(tái)，探針可靠性已獲數(shù)十項(xiàng)應(yīng)用驗(yàn)證
120nt超長(zhǎng)RNA捕獲探針覆瓦式覆蓋目標(biāo)區(qū)域，擁有更高的錯(cuò)配容忍度和捕獲效率
獨(dú)特的探針設(shè)計(jì)優(yōu)化，充分利用探針與捕獲區(qū)域的結(jié)合特性，減少冗余產(chǎn)生
對(duì)于高GC區(qū)域，進(jìn)行獨(dú)特的探針方法設(shè)計(jì)，最大限度上捕獲到高GC區(qū)域
可按客戶需求個(gè)性化定制Panel，Panel定制30個(gè)工作日，可同時(shí)定制多種Panel
VariantBaits?性能展示
VariantBaits?良好的捕獲效率
VariantBaits?優(yōu)異的覆蓋度
VariantBaits?均一化的覆蓋度
VariantBaits?穩(wěn)定的重復(fù)表現(xiàn)
VariantBaits?產(chǎn)品性能
VariantBaits?建庫(kù)原理
VariantBaits?定制流程
VariantBaits?部分合作成果
1.Gao X, Church, GM, et al. (2004) Accurate multiplex gene synthesis from programmable DNA chips. Nature 432, 1050-1054.
2.Porreca GJ, Zhang K, Li JB, Xie B, Austin D, Vassallo SL, LeProust EM, Peck BJ, Emig CJ, Dahl F, Gao Y, Church GM, Shendure J. (2007) Multiplex amplification of large sets of human exons. Nat Methods 4(11), 931-36.
3.Gnirke A, Melnikov A, Maguire J, et al. (2009) Solution hybrid selection with ultra-long oligonucleotides for massively parallel targeted sequencing. Nat Biotechnol 27, 182–89.
4.Lira Mamanova, Alison J Coffey1, et al. (2010) Target-enrichment strategies for nextgeneration sequencing. Nat Methods 7(2):111-8.
5.Teer JK, Bonnycastle LL, et al. (2010) Systematic comparison of three genomic enrichment methods for massively parallel DNA sequencing. Genome Res 20(10), 1420-31.
6.Matzas M, St?hler PF, et al. (2010) High-fidelity gene synthesis by retrieval of sequence-verified DNA identified using high-throughput pyrosequencing. Nat Biotechnol 28(12), 1291-94.
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9.Diep D, Plongthongkum N, Gore A, Fung H, Shoemaker R, Zhang K. (2012) Library-free methylation sequencing with bisulfite padlock probes. Nature Methods 9(3), 270-2.
10.Labrie V, Buske OJ, Oh E, Jeremian R, Ptak C, Gasiūnas G, Maleckas A, Petereit R, ?virbliene A, Adamonis K et al.(2016) Lactase nonpersistence is directed by DNA-variation-dependent epigenetic aging. Nature Structural &Molecular Biology 23(6):566-73.
11.Zaccai F, C T, Savitzki D, Zivony-Elboum Y, Vilboux T, Fitts EC, Shoval Y, Kalfon L, Samra N, Keren Z. (2017) Phospholipase A2-activating protein is associated with a novel form of leukoencephalopathy. Brain 140(2), 370-386.
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